在CodeSmith生成MySQL实体的过程中，用户可能面临两个主要问题，即生成的实体缺少必要的注释和覆盖了安装目录下同名文件。首先，注释的缺失可能使得代码难以理解和维护，给项目带来不必要的困扰。其次，如果在生成实体时发现同名文件已存在，CodeSmith可能会直接覆盖这些文件，导致原有的文件丢失。为了避免这些问题，建议在使用CodeSmith生成实体前，仔细检查生成的代码是否包含必要的注释，并确保目标目录下不存在同名文件。