PopPIPE:人口分析PIPEline:hammer_and_wrench::dna: 源码

PopPIPE:人口分析PIPEline :hammer_and_wrench: :dna: 结果的下游分析。 管道描述 管道包括以下步骤: 将文件拆分为菌株。 使用计算每个应变内的核心和附件距离。 使用核心距离和来创建邻居加入树。 (lineage_clust模式)使用PopPUNK中的世袭群集从核心距离生成群集。 使用生成应变内比对。 使用使用此比对并以NJ树为起点来生成ML系统发育。 使用生成子群,这些子群是系统发育的分区。 与PopPUNK中一样,创建具有核心和附件距离的整体可视化。 最终的树包括通过将子类的最大似然树嫁接到其匹配节点来细化NJ树。 管道DAG示例