GPUKMM:用于宏基因组学的k Markov模型的GPU实现 源码

图形处理器 语言:CUDA 输入:TXT(输入值列表) 输出:TXT(最佳得分顺序列表) 经过测试:PluMA 1.0,CUDA 10 PluMA插件运行k-Markov模型(kMM),以针对一组给定的目标序列中的每一个,在一组宏基因组学序列数据上找到最佳匹配。 请注意,这是另一个插件(KMM)的GPU实现,对于测试的硬件配置,其运行速度可以快2-3倍。 插件希望输入包含三个数据的文件,每个数据都位于单独的行中: (马尔可夫模型的阶数或k值)(数据库目录,其中包含序列每个位置的一组权重文件)(FASTA格式的输入文件,带有目标序列) 输出将是一个简单的表,每个目标序列包含一行,每行包