live cell_image_processing 源码

活细胞图像处理 作者: Asma Chalabi,在开发的代码 注意1:这两个管道都是使用Anaconda平台的Spyder软件在Python 3.7下开发的。 注意2: deep_learning_image_analysis管道仍在开发中。 两条管线都对活细胞显微镜堆栈进行分析,将堆栈分成不同的通道,然后分别对它们进行处理。 1. cell_death_analysis 该管道基于“经典”图像处理方法。 它使用高斯平滑来减少噪声。分割通过二进制阈值执行,然后进行分水岭分割。 使用此管道仅执行细胞分割,在细胞跟踪后提取不同的细胞强度和特征,然后基于边缘度量参数执行细胞死亡检测。 2. deep_learning_image_analysis 该管道基于机器学习方法。 通过集成深度学习细分模型(U-Net),管道可以同时管理3种不同的细分:细胞,核和细胞质。 然后执行跟踪,提