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PB-元基因组学工具 欢迎! 在这里,您可以找到各种适合使用PacBio HiFi Reads进行宏基因组学的工具和管道。 除了当前可用的资源之外,我们将在开发新工具时继续添加新工具。 可用管道 :(以前称为Genome-Binning-Pipeline )从HiFi宏基因组学组件中识别高质量的MAG。 简化的工作流程包括minimap2,MetaBAT2,CheckM和GTDB-Tk的步骤。 输出高质量的MAG序列和关联的元数据。 :为了进行分类学和功能分析,HiFi使用DIAMOND读取到蛋白质数据库并为MEGAN6准备输入。 提供对分类学分析(NCBI和GTDB)的访问,并允许基于来自多个数据库(EC,SEED,InterPro2GO,eggNOG)的注释进行功能分析。 是分析宏基因组样本的理想选择,但也可用于鉴定和表征非宏基因组数据集(例如植物/动物基因组测序项目)中存在的微生