EGAsubmit:欧洲基因组 现象组存档提交的Nextflow 源码

EGAsubmit:帮助程序Nextflow进行提交 汇 此回购尝试降低提交的工作量。 它不会自动执行EGA提交的每个方面。 它是为fastq设计的,也许我们将包括CRAM或其他格式,但目前它允许单个和成对的fastq格式。 概述 (对于我们的新手来说,)EGA提交最困难的部分是EGAcryptor,并使用CSV链接文件和示例。 这似乎是一项适合Nextflow的任务。 因此,我们将输入作为CSV来指示sampleID,/ path / to / read1.fastq.gz,/ path / to / read2.fastq.gz,并将它们用作EGAcryptor和EGA格式的CSV生成过程的输入。 然后将这些输出到指定的目录,从而在中您提供相对简单的clicky作业 用法: