PERJ:配对末端读加入 源码

PERJ 配对末端读段连接(PERJ),用于将配对末端读段连接到一个片段中 工具功能:从两个文件中加入两个照明配对端读数,具有5个末端修整选项,以fasta(1)或fastq(2)输出,在左右读数之间填充Ns,修整低质量的读数 #input数据是两个fastq文件和选项的名称 如何使用这个工具 PERJ可以在命令行或图形界面中运行。 都在工作。 命令终端的用法: perl PERJ.pl [选项] 选项:-l文件:向左读取fastq格式的文件 -r文件:右以fastq格式读取文件 -format整数:1用于fasta中的输出序列或2用于fastq中的输出序列 -trimleft整数:清除左读取的核苷酸的多少bp,默认值:0 -trimright整数:清除要正确读取的核苷酸的多少bp,默认值:0 -n整数:在左右读取之间的间隔中插入多少个核苷酸的核苷酸,默认值:0,对于标准Illum