AKtoolbox:Matlab工具箱用于多序列比对的协同进化分析 开源

AK工具箱是一个Matlab工具箱,用于根据简化的BSD许可证分发的蛋白质多序列比对(MSA)的协同进化分析。 AK工具箱的目的是提供一组Matlab函数,这些函数独立于Matlab生物信息工具箱,用于MSA的协同进化分析。 目前,此软件包中可用的协同进化方法是统计耦合分析(SCA),子集协方差的显式似然(ELSC),互信息(MI),实测负期望平方方法(OMES),基于麦克兰伦的替代相关性(MCBASC) ,直接耦合分析(DCA)和logR。 该软件包中还包含不同生物信息学矩阵的存档。