本书分为上下两篇，分别介绍R语言和Bioconductor。在本书的上篇，从计算机语言的实际应用出发，逐步介绍R语言的特点、使用、基本数据结构、对象、数据分组、数组和矩阵、数据列表和数据单、函数包，统计分析、图形和可视化。本书的下篇介绍了包括DNA微阵列相关技术、数据预处理方法、基因表达差异的显著性分析、基因表达谱的聚类分析和分类识别等内容。