专业工具autodock
原创-AutoDock使用札记(1)AutoDock在2.0以前使用的是模拟退火算法(SimulatedAnnealingAlgorithm),在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(LamarckianGeneticAlgorithm,LGA)。Autodock和Dock一样,都是基于格点(grid)的计算,首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box,然后用不同类型的原子作为探针(probe)进行扫描,计算格点能量,然后对配体在box范围内进行构象搜索(conformationalsearch),最后根据配体的不同构象(conformation),方向(orientation)和位置(position)进行评分(scoring),排序(ranki
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AutoDock中文教程
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