Swiss-PDBViewer是一個設計用來做Homologymodeling的工具，因此它不但可自動利用序列的相似性，將數個結構重疊顯示，也能用人工編輯序列並列分析的結果。再將模板結構與並列分析之結果一起送到Swiss-Model執行optimise模式的結構預測。為了方便使用者以互動的方式觀察結構，該程式不但可自動偵測並選擇α-螺旋或β-鏈等結構，更能以Ramachandranplot顯示每個胺基酸的構形。此外，亦能輕易旋轉指定的化學鍵，或刪除取代胺基酸。在顯示方面，它不像WebLabviewer那樣好用，但是它是一個利用親緣關係預測蛋白質結構的好工具，配合上Swiss-Model功能並不輸給昂貴的InsightI