由于CPU卡具有很高的安全性及一张卡支持多种应用的特点，所以IC卡家族中的CPU卡的使用范围正日益扩大。类似一台计算机，CPU卡内也有CPU、存储器和输入、输出接口，所以在应用中CPU卡也必然需要操作系统。上海复旦微电子股份有限公司成功地开发了自主版权的CPU卡操作系统--FMCOS（FMSH Card Operating System），该操作系统符合ISO 7816系列标准及《中国金融集成电路（IC）卡规范》，适用于保险、医疗保健、社会保障、公共事业收费、安全控制、证件、交通运输等诸多应用领域,特别是在金融领域。FMCOS详细规定了电子钱包、电子存折和磁条卡功能（Easy Entry）三种基本应用。