蛋白同源建模软件，Modeller是一款比较优秀的同源建模软件，包括单模板和多模板建模，选择模板蛋白这一步非常重要，一定要多对比蛋白质的来源，结构特点等，有些蛋白有氧化态和还原态区分时更要严谨；在评价蛋白质模型的时候，网站给出的数据，包括profile-3D和拉氏图都只能作为参考，最重要的还是对比蛋白质结构与模板结构或者同源蛋白保守区域的结构相似程度，关键氨基酸是否合理等