MKVToolNix包含了以下几个MKV专用处理工具：mkvmerge.exe:将多媒体文件封装、合并、混流为MKV文件；mkvinfo.exe:输出MKV文件组件和编码信息；mkvextract.exe:从MKV文件中提取视频、音频和字幕轨道；mkvpropedit.exe:直接修改现有MKV文件的属性而无需重混流；mkvtoolnix-gui.exe:MKVToolNixGUI(mkvmergeGUI)，并包含了章节编辑器和头部编辑器。