在全面分析第三方支付安全事件的基础上，基于威胁树理论构建了第三方支付威胁树风险评估模型，并给出了威胁树的权值计算算法以及最小威胁树修剪算法，最后运用此模型和算法选取典型的第三方支付系统进行了实例评估，对评估结果深入分析的基础上提出了第三方支付系统的安全防范对策建议。结果表明，该评估模型能有效地找到第三方支付系统的威胁路径和风险点，能为第三方支付系统安全的改进和用户选择提供参考。