作为一个完整的HIS系统，至少应包含住院管理子系统，病区管理子系统，病案管理子系统和院长查询子系统。完整的医院信息系统对信息的处理大体上可分为三个不同的层次：数据的收集过程；数据的集中加工、处理与分析过程和决策咨询与决策支持过程。一般来说，数据的收集过程与基层科室的事务处理活动相联系；数据的集中处理与分析过程与中层科室的工作任务相联系；决策、支持过程则与高层领导相联系。