FAT文件系统将引导代码与文件形同数据结构融合在一起，而不像Unix文件系统那样各自存在，引导扇区的前三个字节为一个由机器代码构成的跳转指令，以使CPU越过跟在后面的配置数据跳转到配置数据后面的引导代码处。FAT32文件系统引导扇区的512字节中，90~509字节为引导代码，而FAT12/16则是62~509字节为引导代码。同时，FAT32还可以利用引导扇区后的山区空间存放附加的引导代码。一个FAT卷即使不是可引导文件文件系统，也会存在引导代码。