DNA编码问题是DNA计算中的第一步也是最重要的一步，是DNA计算中的一个基本问题。引入部分字与其洞的定义，研究了部分字的洞与沃森—克里克汉明距离的内在联系，得到沃森—克里克汉明距离与DNA编码的关系；通过分析不完全匹配部分字中洞的出现位置，对发生错误匹配的DNA码进行了优化。解决了DNA编码中除去洞分散分布在DNA双链中的不完全匹配问题，有效弥补了杂交过程中出现的假阳性的缺陷，为DNA编码的研究注入了活力。