针对三维结构模型中地质体层状分布、厚度较小、形状极不规则以及空间分布多样等特点，采用STR算法构建多体R树索引，分析了构建索引预处理过程和处理断层、全区域覆盖等类型地质体的方法。数据测试表明，基于STR算法的多体R树索引整体性能优于传统R树，并且多体索引构建预处理中X、Y、Z的选取顺序对不同类型地质结构模型的查询性能也有不同影响。