为了解决传统的多目标优化算法难以很好实现企业的实际决策需要问题，针对混合流水线车间调度（HFSP）的多目标优化调度问题，提出了一种新的多目标遗传算法。根据企业实际需求，采用分模块两层建模的思想，将多目标分为约束性目标和优化性目标。算法根据目标性质的不同分别进行不同的搜索。最后将新算法应用于HFSP多目标优化问题进行实例验证。结果表明，所提出的算法具有很好的可行性，与其他多目标优化方法相比,该算法具有明显的优越性、实用性和可操作性。