提出了一种新的基于全数字锁相环的自适应低通滤波系统的结构和实现方法。输入信号经整形后产生方波信号，方波信号经FPGA实现的全数字锁相环锁相同步倍频后，再将同步倍频信号输入到开关电容滤波器MAX295的时钟输入端，通过该时钟信号来控制滤波器的截止频率，从而实现滤波器频率的自动跟踪。介绍了系统设计原理，详细分析了FPGA实现全数字锁相环和锁相倍频的设计方法。通过实验验证了该系统的可行性和有效性，能够实现1kHz至50kHz的频率自跟踪倍频和滤波。