合作伙伴选择是协同创新复杂的合作关系以及战略性新兴产业市场正常有效运行的重要前提。以战略性新兴产业与科研机构的协同创新需求为研究背景，按照合作伙伴选择原则，建立基于“投入能力-协同度-产出能力”框架的协同创新合作伙伴选择评价体系，并提出了一种新的网络层次分析（AnalyticNetworkProcess），数据包络分析（DataEnvelopmentAnalysis）和灰色关联度分析（GreyRelationalAnalysis）混合方法，称为ANP-DEA-GRA三阶段评价模型，该方法能利用各方法的优势，实现多指标、多方案的综合排序。分析了基于协同创新人力资源能力、财力资源能力、