针对主流指纹识别算法对缺失指纹图像识别率非常低的问题，提出了一种地统计关联特征与多子集匹配的算法（GS-MS）。首先对指纹图像进行Gabor滤波增强以及二值化、细化预处理，然后将图像均匀划分为N个子集，分别提取各子集的地统计学关联特征与分叉点、端点等细节特征点，最后以待识别指纹图像子集为基准，与指纹库子集进行匹配识别。采用完整与缺失两种指纹数据集进行测试，GS-MS算法均取得了较优的识别精度，而且没有大幅度增加运行时间。