ProtégéDesktop由斯坦福大学团队开发，支持通过完全可自定义的用户界面在单个工作空间中创建和编辑一个或多个本体。可视化工具允许交互式导航本体关系。高级的解释支持有助于追踪不一致之处。可用的重构操作包括本体合并，在本体之间移动公理，重命名多个实体等等。 原斯坦福大学的下载链接比较慢，进行了搬运，方便国内下载。