在DNA序列的混沌游走方法（CGR）及DNA序列的4线图谱表达方法（4-LGR）的基础上，提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法（MGR），并进一步，在DNA序列的上述三种表达式基础上，分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法，对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明：矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性，而且与传统的方法相比，该方法更具有灵活性和变通性。