针对实际系统中干扰源的移动特性，将干扰信道建模为时变瑞利衰落信道，分析了时变单音干扰下多普勒频移对GPS系统性能的影响并推导了误码率公式，提出了一种基于短时傅里叶的自适应时频域干扰抑制算法。该算法首先对接收到的GPS信号进行时频分析，检测出受到干扰的频点，然后设置合理的干扰剔除门限，最后通过自适应二阶IIR格型陷波器将所受干扰的频点剔除。与基于LMS的时域自适应滤波算法进行了对比，实验证明，所提算法对时变单音干扰具有较好的干扰抑制能力。