编辑距离作为一种重要的相似性度量方法被广泛应用于基因序列的相关分析研究中。针对现有的安全基因序列编辑距离计算方案效率很低没有实用性的问题，利用基于秘密共享理论Goldreich-Micali-Wigderson（GMW）的安全多方计算协议（securemultipartycomputation，SMC）设计了一个安全的分布式基因序列近似编辑距离计算方案。它能够使多个参与单位同时进行序列之间的距离计算而不泄露任何一方的基因数据信息。实验结果表明，该方案能够安全有效地实现分布式的基因序列相似性计算。