对于非均匀采样数据的双率系统，运用提升技术，得到系统离散状态空间模型，变换得到相应的传递函数模型。讨论在有色噪声和白噪声的干扰下，提出了利用协同粒子群（Cooperative Particle Swarm Optimization，CPSO）的新颖算法，通过实验仿真对比传统的算法和协同PSO算法的精度和鲁棒性，证明新型算法的有效性和合理性。