为了对蛋白质结构进行正确分类，提出了一种基于粗糙集理论的蛋白质结构分类属性筛选方法。通过多结构比对工具MAMMOTH-mult获得条件属性值，针对分辨矩阵中元素特点提出了分辨矩阵简化方法和改进的属性约简方法。实验以SCOP 1.71数据库中结构信息完整的35个家族数据集为研究对象，采用本方法得到%STRCTCORE和%LOOSECORE两个蛋白质分类属性，并通过两个属性的d1a0fa1与35个蛋白质家族、46 626家族与35个结构比对结果散点图可以看出，将这两个分类属性作为蛋白质结构分类标准，基本上可以对蛋白质结构进行客观正确的分类。