在使用AutoDock分子对接程序之前需要通过分子对接图形化软件MGLTools软件处理好相应的文件。在使用AutoDock做对接需要使用到的文件主要有配体分子和受体分子的pdbqt文件，生成Grid的gpf文件，做对接的dpf文件，而这些文件都可以通过MGLTools软件生产。