针对传统分水岭算法的过分割问题，提出一种基于自适应标记提取和能量方程的改进算法。根据图像中的边缘信息和图论方法，得到最短边缘路径，从而自适应地提取出区域标记，进行分水岭变换，用提出的能量方程实现区域合并。利用医学细菌图像对提出的算法进行验证，实验结果表明该算法能有效解决分水岭算法的过分割问题，得到很好的分割效果。