为了解决城市轨道交通运输组织中的列车停站问题，考虑列车停站与客流换乘选择之间的主从博弈关系，建立了城市轨道交通组合型停站方案的0-1双层规划数学模型。上层停站模型以运营收益最大化为目标，以车站停站下限为约束；下层乘客路径选择以总旅行耗费时间最少为目标，乘车径路连续性和可行性为约束。根据双层规划模型特点分别对决策变量、目标函数和约束条件整合处理并通过优化软件求解。通过算例分析了参数的敏感度，并证明了模型的可行性和有效性。实例应用证明了组合停站更适用于特殊空间分布的客流。