对于时间序列的基因表达数据，传统的聚类算法都是以距离为相似性度量标准，没有考虑基因随时间变化的相似趋势。从基因变化的趋势出发，构造了一种新的模糊相似关系矩阵，提出了改进的基于模糊相似关系的聚类算法，并以该算法计算FCM的初始聚类中心。将该方法应用在酵母菌基因表达数据中，实验结果表明该算法不仅克服了FCM算法易陷入局部极小值、对初值敏感的缺点，而且能够发现一些表达模式变化趋势相似的共调控基因。