在混合种群中进行基因组选择具有挑战性，在这种情况下其准确性很大程度上取决于单核苷酸多态性（SNP）和数量性状基因座（QTL）之间连锁不平衡的持续性。 推断SNP标记和QTL之间的连锁不平衡（LD）对于了解不同品种之间SNP标记作用的变化可能很重要。 利用来自基因型数据的信息，探索了预测两个不同品种之间的标记与QTL之间连锁不平衡的变化。 使用解释变量定义不同的两个不同模型（M1，M2），使用固定数目的标记面板或窗口中的所有标记来推断SNP标记和QTL之间的LD水平。 使用不同数量的SNP和QTL进行了三种模拟方案。 在第一种情况下，使用M1和M2得出的确定系数（R2）分别为0.65和0.52。