协议识别在入侵检测等网络安全领域具有广泛应用。根据二进制协议特点，提出了一种基于字节熵矢量加权指纹的协议识别方法。对不同协议类型的网络流，利用字节熵矢量描述其报文格式属性，基于局部加权的思想对其进行聚类，得到类簇中心及各类簇字节熵的权重分配，构建协议的字节熵矢量加权指纹，通过指纹的距离度量及距离阈值设定对协议进行识别。实验表明，该方法对常见二进制协议的识别召回率达到94%以上，并可以发现训练集中未出现的协议。