针对处理机节点具有不同计算速度、不同通信能力的情况，考虑计算和通信启动开销，给定处理机分配顺序，基于可分负载理论，提出一种存储受限异构机群系统的序列串最优分配线性规划模型，给出相应的序列串最优分配方法。实验结果表明，基于最优序列串分配方法的双序列最长公共子序列并行算法优于平均分配序列串算法，获得了较好的加速，并具有良好的可扩展性。