提出一种基于改进蚁群算法的多序列比对方法。该算法改变了信息素的更新方式、字符的选择方法、蚂蚁在蚁巢和食物之间往返搜索以及随机分配蚂蚁开始序列等。实验结果表明，改进后的算法不仅有效地克服了基本蚁群多序列比对算法中的停滞现象，而且即使在运行的后期，仍然能以极大的概率搜索较好解。