本文基于自组织理论，分析了创新系统自组织过程中不稳定，分叉，变异和随机“波动”的演化特征和机理。 然后，针对具体的业务自组织系统进行了实证研究，构建了创新系统自组织能力评价指标体系，以研究我国区域创新系统自组织能力判断框架的路径。 分析比较了中国区域创新体系中一系列涉及自组织能力的因素的路径。 结果表明，开放程度，非均衡程度，波动程度和非线性程度对区域创新系统的自组织能力具有积极影响。 从区域角度看，中国东部地区创新自我组织状态的评价明显高于中西部地区。 最后，根据各部分的情况提出了一些建议，对我国各地区相应的创新自组织系统具有指导意义。