KDEEP是使用深度学习(CNN)进行亲和力预测的预测器。 关于这篇文章,我发现了一个新的名为HTMD(高通分子动力学)的python库。 我真的不擅长从头算或MD计算等计算领域。 因此,我无法评估该库的实际价值,但我认为它对Comp Chemist很有用。 HTMD可以从Anaconda的acellera通道安装,但要有一些依赖性。 或者可以从github的源代码构建。 感兴趣的功能之一是“Voxel描述符”。 体素表示三维空间中规则网格上的值。 与2D空间中的像素相同。 这意味着HTMD可以从mol文件生成3D描述符。 并且使用该库很容易计算描述符。 HTMD还具有许多操作PDB或SDF