针对工程实践中大量分布、因果不清,产生于复杂系统的序列数据,这类序列数据由于生成机制不明或者复杂,无法通过还原论进行分析,同时由于复杂系统的涌现性数据往往波动较大,通过传统的回归等统计学方法往往无法得到有效分析,本文讨论了CUP算法的在序列拟合上的应用,提出了CUP分析的一般过程和方法,并就因果发现、序列模式识别等方面结合仿真实验进行了讨论,并就一般特性的差异比较了常见的因果发现和模式识别方法,对工程实践中的复杂系统背景的序列数据分析有指导作用。