Seurat 作为单细胞分析中的重量级R包,有多好用用,用过的人都知道。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。然而Seurat 2和Seurat 3的矫正方法完全不一样,得到的结果也不一致。 Seurat 2是基于CCA (典型相关性)的,可以矫正肿瘤,外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应,也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应。虽然速度慢,效果还是不错的。而Seurat 3 则是基于样本间具有相似表达谱的细胞群来进行矫正,对于同一种性质