在量子密钥分发系统中,由于长距离光纤信道传输引入的偏振漂移将导致密钥分发效率下降。给出了一种基于遗传算法结合数控偏振控制器实现在单光子量级下对单光子偏振的优化控制与长时间锁定的方法。在25 km 单模光纤传输每脉冲平均光子数小于0.1 的单光子相位编码量子密钥分发系统中,将信号光偏振优化到最佳值,并实现了系统长期稳定运行,密钥分发成码率高于1.5 kb/s。