更新:我最近做了一个快速更新。 我个人一直在使用GOPY来生成PDB文件,然后将其导入xleap / AmberTools。 对于氧化石墨烯(GO),环氧基包含两个碳原子,在GOPY中均使用相同的名称“ CY”。 我最近发现,给第二个使用不同的名称会更好,因此现在将第二个命名为“ CZ”。 如果您希望它们都为“ CY”,请更改代码或打开文本编辑器,然后将所有“ CZ”更改为“ CY”。 稍后,我将对此进行完善(检查错误等)。 我这样做是因为当我使用xleap时,我为石墨烯原子,COOH残基,环氧残基和羟基残基定义了一个lib文件,并且“ bondbydistance”命令以这种方式更好地工作。