MDNetwork工具 MDNetworkTools是一个多合一的python程序包,可直接从分子动力学轨迹构建网络。 此外,该软件还提供了用于网络分析(社区检测和次优路径计算)以及可视化的功能。 MDNetworkTools的核心是利用多个Python模块。 轨迹和拓扑处理由MDTraj完成,而网络生成算法通过Numba软件包采用jit编译方法。 目前,只有网络生成方法才能受益于Numba的提速,尽管将来的版本可能会将其扩展到网络分析算法。 请参阅必需的软件包以获取必需软件的完整列表。 必需的包裹 除了numpy和scipy,还需要在运行MDNetworkTools之前安装以下软件包: M