mmtf workshop 2018:结构生物信息学培训研讨会和Hackathon 2018 源码

qqdim66591 6 0 ZIP 2021-02-22 01:02:40

结构生物信息学培训研讨会和Hackathon 2018 大数据技术和3D可视化的应用,圣地亚哥超级计算机中心,圣地亚哥加州大学,2018年5月7日至9日结果讲习班教程要在没有任何安装的情况下尝试我们的jupyter笔记本演示,请单击此活页夹按钮-> Binder可能需要几分钟来设置环境。安装请按照mmtfPyspark的上的安装指南安装python软件包。克隆存储库通过在终端上运行以下命令来克隆此存储库: git clone https://github.com/sbl-sdsc/mmtf-workshop-2018.git 如何引用这项工作 Bradley AR,Ros

文件列表

mmtf-workshop-2018-master.zip (预估有个95文件)

mmtf-workshop-2018-master

6-machine-learning

1-Features.ipynb 18KB

2-Classification-PySpark.ipynb 20KB

Problem-1.ipynb 7KB

MMTF2018-MachineLearning.pptx.pdf 1.2MB

README.md 139B

3-Classification-Sklearn.ipynb 90KB

Solution-1.ipynb 7KB

mltoolkit.py 6KB

.gitignore 1KB

MMTF-Workshop-2018.pdf 69KB

4-mmtf-pyspark-advanced

Solution-2.ipynb 24KB

1-Metadata.ipynb 33KB

MMTF2018-mmtfPyspark-advanced.pdf 938KB

Problem-1.ipynb 18KB

README.md 124B

2-JoiningDatasets.ipynb 21KB

4-CreateDatasets.ipynb 9KB

Problem-2.ipynb 24KB

Solution-1.ipynb 19KB

3-MutationsToStructure.ipynb 168KB

resources

mmtf_reduced_sample

part-00004 5.25MB

part-00011 1.41MB

part-00007 627KB

part-00009 1.75MB

part-00001 5.81MB

_SUCCESS 0B

part-00006 5.88MB

part-00005 5.91MB

part-00003 5.77MB

part-00000 6.02MB

part-00008 5.94MB

part-00002 1.21MB

part-00010 5.88MB

mmtf_full_sample

part-00004 28.39MB

part-00007 41.49MB

part-00001 32.48MB

_SUCCESS 0B

part-00006 35.36MB

part-00005 32.53MB

part-00003 31.46MB

part-00000 39.65MB

part-00002 38.67MB

LICENSE 11KB

vice

Dockerfile 1KB

entry.sh 630B

Survey.pdf 7.11MB

2-intro-pyspark

Solution-1-PySpark-RDD.ipynb 12KB

Tutorial-2-PySpark-DataFrame.ipynb 4KB

Tutorial-1-PySpark-RDD.ipynb 6KB

emails.txt 550B

README.md 88B

MMTF2018-Introduction_to_Spark.pptx.pdf 674KB

Solution-2-PySpark-DataFrame.ipynb 17KB

cars.csv 2KB

README.md 2KB

0-introduction

MMTF2018-Introduction.pdf 11.46MB

README.md 68B

5-mmtf-datastructure

Solution-2.ipynb 31KB

MMTF2018-datastructure.pdf 867KB

Problem-1.ipynb 182KB

README.md 64B

1-MMTF-Datastructure.ipynb 11KB

Problem-2.ipynb 30KB

2-ColumnarDatastructure.ipynb 73KB

3-ColumnarStructureIndexing.ipynb 16KB

Solution-1.ipynb 182KB

3-mmtf-pyspark

Solution-2.ipynb 3KB

3-Webfiltering.ipynb 9KB

7-OutputTo3DViewer.ipynb 3KB

5-MapReduce.ipynb 3KB

Problem-1.ipynb 5KB

README.md 108B

4-Flatmapping.ipynb 11KB

1-Input.ipynb 10KB

2-Filtering.ipynb 7KB

Problem-2.ipynb 3KB

Solution-1.ipynb 5KB

6-Output.ipynb 4KB

MMTF2018-mmtfPyspark.pdf 1.79MB

1-3D-visualization

5-Bioassembly.ipynb 9KB

Solution-2.ipynb 20KB

MMTF2018-3D-Visualization.pdf 897KB

4-Surfaces.ipynb 6KB

3-Selection.ipynb 62KB

2-Styles.ipynb 20KB

5mxb.pdb 265KB

Problem-1.ipynb 18KB

README.md 66B

1-Input.ipynb 554KB

Problem-2.ipynb 20KB

6-UnitCell.ipynb 9KB

Solution-1.ipynb 19KB

binder

start 76B

postBuild 95B

environment.yml 208B

用户评论

暂无评论

生物信息学植物DNA条形码

生物信息学植物DNA条形码生物信息学植物DNA条形码 pdf

26 2018-12-20
数据挖掘在生物信息学的应用

主要介绍了数据挖掘技术在生物信息学的应用

23 2019-05-16
MEGA4生物信息学

生物信息学聚类分析可以构建系统发育书，很好用的软件

21 2019-05-23
生物信息学概论PDF电子书

第1章生物信息学概述.pdf第2章核酸蛋白质序列数据库资源.pdf第3章序列比较与相似序列搜索.pdf第4章基因组结构注释.pdf第5章蛋白质序列分析.pdf第6章蛋白质结构及其分析预测.pdf第7章

54 2019-05-20
生物信息学主要英文术语及释义

生物信息学主要英文术语及释义（术语的中文翻译）

19 2019-07-15
生物信息学算法导论英文版

《生物信息学算法导论》是麻神理工大学的生物信息学算法入门教材，适合刚入门的生物信息学本科生以及致力于生物信息学算法开发人员，通熟易懂，妙趣横生，结合实例和名人传记，将算法描述讲得深入浅出。

31 2019-07-27
PYTHON生物信息学数据管理.pdf

PYTHON生物信息学数据管理.pdf，用python研究生物科学信息高清版

42 2019-07-09
R语言与BIOCONDUCTOR生物信息学应用_

这本书详细介绍了R与bioconducor在生物信息学的应用。不仅详细介绍了一些生物信息学的内容，还介绍了相关算法流程，程序编程等

244 2019-05-13
R语言与BIOCONDUCTOR生物信息学应用

随着测序技术的不断完善，生物数据的不断扩大，需要从从众多数据中进行分析，普通的软件已经不能够满足这种需求，就需要通过R语言以及其他一系列的编程语言来辅助进行数据的分析。

223 2019-05-13
大学生物信息学教学思考

大学生物信息学教学思考，黄菊香，，生物信息学以现代计算机科技和信息技术为手段在生物学范畴内揭示隐藏在生物数据背后的人类奥秘，是生物科学与信息技术高度结合的

13 2020-06-07

mmtf workshop 2018:结构生物信息学培训研讨会和Hackathon 2018 源码

文件列表

用户评论

推荐下载