customSeqDB:用于帮助从开源数据库创建特定于分类群的RDNA序列数据库的函数 源码
customSeqDB customSeqDB的目标是帮助从开源数据库(如NCBI和ENA)中创建自定义序列数据库。 函数允许在其API上搜索和获取记录,并解析这些记录以获取相关信息。 它还可以创建分类法SQLite文件,以允许获取用于创建自定义数据库的记录的分类法信息。 安装 开发版本可以通过以下方式从安装: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " salix-d/customSeqDB " ) 例子 从NCBI获取序列详细信息 这将获得NCBI核苷酸数据库中与这些分类单元和基因匹配的所有记录的摘要,这些分
文件列表
customSeqDB-master.zip
(预估有个32文件)
customSeqDB-master
customSeqDB.Rproj
396B
README.Rmd
2KB
man
parse_INSDxml.Rd
2KB
parse_EMBLxml.Rd
2KB
get_taxonomy.Rd
1016B
write_fasta.Rd
1KB
get_ncbiDetails.Rd
3KB
get_enaTaxIds.Rd
986B
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