初始管道(8.3.2020) 1.从ViPR获取基因组数据(如文章所述) 2.从NCBI获取每种病毒物种中每个基因(Orf1a,Orf1b,S,M,N,E和nsps)的参考序列。 3.使用引用来制作Makeblastdb和Blastn(按基因分割基因,并从多蛋白中获得nsps)。 4.爆炸结果质量检查(本地) 5a。 密码子感知MSA(带有Mafft) 5b。 对知道密码子的MSA进行质量检查5c。 TN93计算6a。 RaxML(关于每个病毒物种中的单个基因) 6b。 RAXML树上的质量检查7.选择分析:MEME,BUSTEDS,aBSREL 8. Mafft合并(路线) 9a。 Rax