树突 treeducken是一个系统发育模拟软件包,其主要目的是使用出生-死亡模型机制同时模拟宿主和共生系统发育。 通过允许宿主中的物种形成并不总是暗示共生体中的物种形成的场景,这扩展了模拟共生系统的工作(Keller-Schmidt等,2011)。 该模拟还解释了宿主共生体系统模拟的灭绝。 treeducken还可以以类似于中使用的方式在三棵树模型下进行仿真(Mallo et )。 简要用法示例 下面是一个如何使用treeducken模拟一组十个宿主和共生树集的快速示例。 为此,我们设置了宿主出生率,宿主死亡率,共生菌出生率,共生菌死亡率,共物种形成率和宿主扩展率。 这些参数在手稿(准备