大豆基因组中新型MicroRNA基因的计算机检测

microRNA(miRNA)在转录后调控水平上的重要性最近已在动植物中得到公认。 在这项研究中,使用了简单而最有效的比较基因组方法。 首先针对大豆基因组的已知植物miRNA BLAST,然后通过RNA折叠方法在候选的附近(+/- 400 nt)搜索定位的候选miRNA。 结果表明,总共鉴定出521个新的大豆miRNA基因,包括236个成熟的miRNA。 所有这些成熟的miRNA分为58个家族,其中21个是大豆中的新家族。 为了研究miRNA的预测并检测转录本单位和聚类,将上游2 000 nt的潜在pre-miRNA用于启动子预测。 在这项研究中,miRNA基因较少出现在大豆簇中。 作为多顺反子转录物的一部分,仅观察到9个簇,其中包含21个miRNA基因(占总数的4.0%)。 对大豆和所有先前已知的植物miRNA中的新型miRNA的序列特征进行了详细分析。 这项研究的结果为进一步研究植物中的miRNAs提供参考,并提高了对大豆基因组的了解。