F1变异模拟:在不同的遗传结构和选择参数下模拟F1变异 源码
F1变体模拟 该项目使用Admixem在各种遗传结构和选择参数下模拟F1杂种,并将变异系数与亲本物种的变异系数进行比较。 有关安装和运行Admixem的说明,请参见: ://github.com/melop/admixem。 接下来,决策树( )用于预测哪些遗传结构和选择参数更可能导致F1杂种的变异系数比亲本种类。 该存储库中的文件仅模拟一组遗传结构。 具体而言,其中一个目标表型由10个独立的非附加基因座决定,分布在10个独立的染色体中,每个染色体的效应大小为0.1,并且没有自然选择或有性选择。 有关模拟的各种参数组合,请参阅parameters_simulated.xlsx,有关结果,请参见F1_variation_markdown.Rmd。 #首先通过安装Admixem开始按照说明安装Admixem #配置输入文件请按照说明配置输入文件 Admixem需要许多输入文件。 其中
文件列表
F1-variation-simulations-main.zip
(预估有个16文件)
F1-variation-simulations-main
prop_overlap.R
2KB
recombination_hotspots.txt
19KB
phenotype_parser3.R
9KB
decision_trees.R
3KB
samplegens.txt
3B
markers.txt
3KB
parse_output_df.R
4KB
naturalsel_unlinked_additive_esize0.1_noss_nons.txt
64B
README.md
5KB
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